在中區神經系統，尤其是在脊椎里，甘氨酸是- -一個抑制性神經遞質。假如甘氨酸接受器被激活，氯離子通過離子接受器進入神經細胞導致抑制性突觸后電位。馬錢子堿是這些離子接受器的拮抗物。在鼠體內其LD50指標為0.96毫克/千克體重， 死因是興奮性。在神經系統中甘氨酸與谷氨酸同是激動劑。

甘氨酸從整體上來看是極性分子(所有都是極性的)，它屬于極性。這是因為判斷-一個的極性的依據是其期R基的性質，而非整個分子。甘氨酸支鏈是一個氫原子把它歸為烴鏈，屬非極性。相似的，雖然其易溶于水，但屬疏水。

基本知識甘氨酸是中樞神經及前列腺必需的氨基酸，它通過供應更多的肌酸，延緩肌肉的退化。甘氨酸會刺激糖原分解因素——胰高血糖素的分泌。胰高血糖素是胰臟。細胞所分泌的一種多肽激素，能促進糖原的分解而使血糖濃度增高。

功效其抑制作用有助于預防癲癇；治療兩極性憂郁癥；治療低血糖癥；治療進行性肌肉萎縮；治療胃酸過多十分有效；治療某些類型的酸血癥；治療因亮氨酸不均衡而產生難聞的體臭和口臭。